แฟนของ โคนัน "โมริ รัน" นั้น พ่อของเธอ "โคโงโร่"เปิดสำนักงานนักสืบอยู่ โดนัน อาศัยสำนักงานนั้นเป็นที่พักพร้อมกับติดตามแกะรอยองค์กรลับไปด้วยเพื่อหลบสายตาชาวโลก องค์การได้ใช้โรงเรียนประถมเป็นฉากบังตาและการได้ร่มเงาของ นักลืมโมริ โคโจโร่ โคนันได้ให้ความช่วยเหลือ เพื่อที่จะเปิดโปงองค์กรนี้!!